Organisatorisch ist die DigGS.NRW der Bezirksregierung Detmold, Dezernat 45 zugeordnet und dem Ministerium für Schule und Bildung des Landes NRW unterstellt. 

Durch die Einrichtung einer Steuergruppe kooperiert die DigGS.NRW eng mit den weiteren Bezirksregierungen im Land NRW: Bezirksregierung Arnsberg, Düsseldorf, Köln und Münster. Neben der Steuergruppe existiert ein Lenkungskreis (siehe Abbildung). Dieser verabschiedet jährlich Zielvereinbarungen, die leitend für die Aktivitäten der DigGS.NRW sind. 

Stand: November 2023