Unter der Leitung der Regierungspräsidentin und des Regierungsvizepräsidenten stehen fünf Abteilungen, in denen die Dezernate der Behörde jeweils unter fachlichen Gesichtspunkten zusammengefasst sind.
Abteilung 1 - Zentrale Dienste
Abteilung 2 - Ordnungsrecht, Gesundheit, Sozialwesen, Gefahrenabwehr, Verkehr
Abteilung 3 - Regionale Entwicklung, Kommunalaufsicht, Wirtschaft
Abteilung 5 - Umwelt, Arbeitsschutz